Les phoques sont visibles toute l'année, mais l'été offre les meilleures conditions : les naissances de veaux-marins ont lieu de juin à début août. Ce qui compte davantage que la saison, c'est la marée : il faut venir à marée basse, quand les bancs de sable se découvrent.
Le point d'observation le plus accessible est la pointe du Hourdel, à l'entrée sud de la baie. Le Cap Hornu et les abords de Saint-Valery offrent d'autres angles. Munissez-vous de jumelles : les phoques se reposent sur des bancs de sable à plusieurs centaines de mètres du rivage.
Restez à 300 mètres minimum, comme le recommandent les associations de protection. N'approchez jamais un jeune phoque isolé sur la plage : sa mère est le plus souvent à proximité. Le plus sûr reste de passer par un guide nature agréé, qui connaît les zones de repos et les horaires de marée.
L'estuaire réunit trois conditions rares : de vastes bancs de sable découverts à marée basse, où les phoques se reposent et mettent bas ; des eaux poissonneuses ; et des zones peu accessibles à l'homme. La protection du site depuis les années 1980 a permis à la colonie de se reconstituer.
La baie abrite la plus importante colonie de phoques de France, avec plusieurs centaines d'individus de deux espèces : le phoque veau-marin, majoritaire, et le phoque gris. Les effectifs sont recensés chaque année par l'association Picardie Nature, qui publie des comptages actualisés.
